En Industries Agro-alimentaires (IAA) : les thèmes principaux sont : la chimie, la biochimie, la microbiologie des produits alimentaires, l’enzymologie générale, le génie alimentaire et le génie industriel alimentaire, les normes et qualité, l’économie agroalimentaire, le management de la sécurité sanitaire des aliments, la technologie alimentaire, la toxicologie alimentaire, la nutrition, l’analyse sensorielle.

Les thèmes transversaux sont : l’économie générale et d’entreprise, les mathématiques, l’informatique, l’anglais, le droit du travail, du commerce et des entreprises, l’encadrement et la Gestion des Ressources Humaines, le management de la qualité, le management de projet, la communication, la métrologie, les méthodes d’analyse chimique. Le caractère professionnalisant de la formation est garanti par les stages en entreprise qui sont crédités : environ 24 semaines de stage effectif pour chaque étudiant de l’ISJA PB, auxquels s’ajoutent des projets tutorés (travail en groupe encadré par un professeur-tuteur). Pour chaque stage une convention de stage est signée par les trois parties concernées : l’entreprise, l’Institution et l’étudiant. Un exemplaire est à chaque fois conservé dans le dossier de l’étudiant. Le suivi des stagiaires en entreprise permet de s’assurer du respect de la convention. Le Chef d’entreprise (ou le Maître de stage) remplit aussi un bilan de formation pratique évaluant les attitudes et comportements de l’étudiant durant son séjour en entreprise. Ces stages, de même que les projets tutorés, font l’objet de rapports évalués aussi bien pour l’écrit que lors d’une soutenance devant un jury. Par ailleurs, les séquences de pratiques des techniques d’analyse permettent aux étudiants d’appliquer les différentes techniques d’analyse (microbiologique, chimique, biochimique, sensorielle) et de production (jus de fruits, marmelade, fromage, yaourt, conserves de légumes, etc.) en situation réelle de travail.